Federalna uprava civilne zaštite je organizirana kroz sljedeće organizacione jedinice:
- Kabinet direktora,
- Inspektorat,
- Jedinica za internu reviziju,
- Sektor za planiranje, mjere zaštite i spašavanja, vatrogastvo i strateške inicijative,
- Federalni centar za obuku struktura zaštite i spašavanja i organizaciju federalnih specijaliziranih jedinica civilne zastite,
- Sektor za pravne i finansijske poslove, upravljanje ljudskim resursima i javne nabavke,
- Sektor za organizaciju deminiranja i uništavanja eksplozivnih sredstava,
- Sektor za tehničke poslove, servisiranje vozila, opreme i skladištenje,
- Federalni operativni centar civilne zaštite.