Jedinica za internu reviziju nadležna je za vršenje sljedećih poslova:

1. obavlja internu reviziju svih organizacionih dijelova Federalne uprave, kao i svih programa, aktivnosti i procesa u nadležnosti Federalne uprave, na osnovu odobrenih strateških, godišnjih i pojedinačnih revizorskih planova; 
2. provodi slijedeće procese interne revizije: strateško (trogodišnje) i godišnje planiranje revizije;
3. provodi  testiranje, ispitivanje i ocjena podataka i informacija;
4. provodi izvještavanje o rezultatima i davanje preporuka u cilju poboljšanja poslovanja;
5. provodi praćenje realizacije preporuka interne revizije od strane Uprave;
6. vrši procjenu upravljanja rizikom i internih kontrola, odnosno procjenjuje adekvatnost i efikasnost sistema finansijskog upravljanja i kontrole u smislu identifikacije rizika, ocjene rizika i upravljanja rizikom od strane rukovodstva Uprave;
7. vrši procjenjivanje  adekvatnosti i efikasnosti sistema finansijskog upravljanja i kontrole u smislu ispunjavanja zadataka i postizanja definiranih ciljeva Uprave;
8. vrši procjenjivanje  adekvatnost i efikasnosti sistema finansijskog upravljanja i kontrole u smislu ekonomične, efikasne i djelotvorne upotrebe resursa;
9. vrši procjenjivanje  adekvatnosti i efikasnosti sistema finansijskog upravljanja i kontrole u smislu usklađenosti sa uspostavljenim politikama, procedurama, zakonima i regulativama;
10. vrši procjenjivanje  adekvatnost i efikasnosti sistema finansijskog upravljanja i kontrole u smislu čuvanja sredstava Uprave od gubitaka kao rezultata svih vidova nepravilnosti;
11. vrši procjenjivanje  adekvatnost i efikasnosti sistema finansijskog upravljanja i kontrole u smislu integriteta i vjerodostojnosti informacija, računa i podataka, uključujući procese internog i eksternog izvještavanja;
12. priprema pitanja iz nadležnosti Jedinice za plan rada i izvještaj o radu Uprave;
13. vrši i druge poslove koji se odnose na djelokrug rada Jedinice.